試しておらず概念的な説明になりますので、不明な点は返信願います。
なお、オリジナルのVer.1.10をベースとしています。

> ◆ログインボーナスを付けてみたい
> ログインボーナスの仕様としては、
> ・１日１回アイテムの獲得（夜中０時に切り替え）
> ・合計ログイン日数に応じて獲得できるアイテムに差がでる
> （１日目は薬草、２日目はニク…１０日目まではポーション…
> 　１００日まではエリクサーみたいな感じで、
> 　日数及び、それ以下or以上の日数での指定ができるのが理想的です）

ユーザーデータに新しいパラメータ（仮に$login）を用意しましてsub make_conのuserout実行前に以下のような処理を行えば良いと思います。
　　1. $loginから前回のログイン時間（正確には該当日の最初のログイン時間）とログイン日数を取得する。
　　2. 1.で取得したログイン時間の年月日と現在時間の年月日を比較して異なっていれば処理を行う。
　　　　2.1. ログイン時間とログイン日数を更新する。
　　　　2.2. $loginを更新する。
　　　　2.3. ログイン日数に応じて$bgにアイテムを追加する。
あと、新規登録時にログイン時間や日数を初期化する場合はsub make_newにそれらの初期化処理を追加すれば良いです。

> ◆タイムボス(仮)いわゆるレイドボス…
> 何時間かおきに出現する強敵で、
> プレイヤー皆でHPを削ることのでき、
> 討伐成功時には参加者全員にアイテムがもらえるようにできたらと思っています。

例えば他のユーザーと同じ扱いで戦闘できるようにする場合は以下のような考え方でできそうです。
なお、これについては他にもやり方は色々とあると思いますのであくまで一例です。
　　1. ボス用のデータファイル（時間と参加者を保存）を用意する。
　　2. 誰かのログイン処理時に条件を満たしていたらボス用のユーザーファイルを作成してデータファイル内の参加者をクリアする。
　　3. sub fightの先頭のほうで、相手がボスの場合は時間を確認して期限切れならボス用のユーザーファイルを削除して戦闘を行わない。（この時contact_action画面に戻ると不都合なのでnormal_action画面に戻るようにする）
　　4. sub fightで相手がボス、かつ、相手を倒した場合は各参加者の所持品にアイテムを追加し、ボス用のユーザーファイルを削除する。（この時も同様にnormal_action画面に戻るようにする）
　　5. sub fightで相手がボス、かつ、相手を倒していない場合は参加者を更新する。
　　※ 時間は必要に応じて更新する。

> ◆商品を購入した人ランキングをつけたい
> 商品を販売したランキングはあるのですが、
> 『プレイヤーが販売しているアイテムをいっぱい買っている人』
> のランキングを作りたいと思っています。
> プレイヤーが売っているアイテムの販売促進につながればと思っています。

ユーザーデータに新しいパラメータ（仮に$buy）を用意し、販売者がプレイヤーならsub buy_after内の適切なタイミングで$buyを更新する。（$buyの内容は回数であったり個数であったり金額であったりすると思いますが適宜更新する。）
そして、他のリスト表示を流用して$buyを表示する処理を作成すればできると思います。

▼関連発言
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