まず最初に以下を訂正をします。
> 1文字1文字変換するようにすれば解決しますがマルチバイトコードなので困難だと思います。
よく考えてみたところこれだけでは解決しないです。
splitやindexを使用しているところも1文字1文字で行うようにしないと駄目でしたのでさらに困難ということになります。

> ありがとうございます！
> これだけの情報で一発で原因を解明して戴けるとは思いませんでした。
>
> ご提案の通り、区切り用の文字を1バイト文字に変更しようと思いますが、混乱を避けるためなるべくPerlで使用されない文字を選んで使いたいと思います。
> まだまだPerlは勉強中ですのでご意見を戴きたいのですが、
> ^ （アクサンシルコンフレクス）や
> ` （アクサン グラーブ）
> ではどうでしょうか？
> また、いっそ半角カナを用いた場合、何か問題があると思われますでしょうか？

'^'は正規表現において行頭を表す記号なので正規表現を使用する場合にエスケープする必要があり手間が増えるのでやめておいたほうが無難です。
'`'はPerlのスクリプトとしては意味がありますが正規表現には影響しないはずなので問題無いと思います。
半角カナは http://charset.7jp.net/euc.html を見た限り8e##であり8eは全角文字の下位バイトとしては使われていないようですのでおそらく問題無いだろうと思います。

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