> ID作成時に記録されるIPアドレスは**.**.**.と数字が３つまでしかなくて、最後の１つがありませんよね

そうでしたね。
そうするとhost.example.ne.jpなどのようにIPではない場合は先に書いたそのままで良いですがIPアドレスの場合は先頭の3つまでで192\.168\.0\.のように書かないと正常に機能しないということになります。

> このせいなのかわかりませんが、指定しても機能していないようなのです
> パールチェックではsyntax OKとなっていますので、スクリプトそのものは間違ってないと思うのですが、他にも修正を加える部分があるのでしょうか？
> 追加したのは以下の２つだけです
>
> #拒否するホスト
> $deny = ''
>
> #アクセス制限
> 以下省略

これだけで大丈夫だと思います。（''の後に;が無いのは写しミスだと思いますし）
とりあえずローカルテストで$deny = '.';として「ただ今ご利用できません」と表示されるか確認してこれが正常なら次に$deny = '127\.0\.0\.1 localhost';として同じメッセージが表示されるか試してみてください。

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